Gnome Keyring 1:48でSSHエージェントの機能がデフォルト無効になりました。
Gnomeにおけるこの機能は、gcrに移行しました。
Archwikiに説明がありますが、Systemdのユーザーユニットである(つまり--userが必要であることに注意してください。
$ systemctl --user enable gcr-ssh-agent.socket
Manjaro Cinnamonにおいては当該ユニットはデフォルト有効になっており、環境変数の設定だけで機能しました。